Les molécules qui composent les protéines s'appellent des polypeptides . Ce sont des peptides composés d'au moins dix acides aminés (un type de molécule de type organique).

Dans la protéine, l’ ordre des acides aminés a été étudié et respecte certaines règles. Classiquement, l'extrémité N-terminale de la chaîne polypeptidique (NH3 + amino-terminal) doit être écrite à gauche de la séquence; par conséquent, le C-terminal (ou le groupe carboxyle) doit être écrit à sa droite. Toute séquence donnée doit être lue de son extrémité N-terminale à son extrémité C-terminale.

Dans la nature, l'enzyme qui forme les liaisons peptidiques (entre un groupe carboxylique d'un acide aminé et un amino d'un autre, et le type de liaison qui lie des protéines et des peptides) est le ribosome ; il y a l'explication de la convention expliquée dans le paragraphe précédent, car la croissance de la chaîne se produit en ajoutant un acide aminé au carboxyle terminal, de sorte que la première extrémité qui en émerge est l'extrémité N-terminale.

Les caractéristiques d'un peptide ou d'une protéine varient en fonction de la qualité et de la quantité de groupes ionisables trouvés dans une molécule. Outre les acides aminés libres, le peptide et la protéine ont des courbes de pH isoélectrique (pl) et de titrage; De plus, son pH ne varie pas dans un champ électrique.

Pour nommer un polypeptide, les suffixes des acides aminés se terminant par -ico (tel que aspartique), in -an (comme le tryptophane) et -ina (comme la glycine) doivent être remplacés par -il ; la seule exception à cette règle est donnée avec le carboxyle terminal. Pour citer un exemple, pour obtenir le dipeptide valilalanine au moyen d’une liaison peptidique, nous partons de la valine et de l’alanine; D'autre part, la valilglicilleucine est un tripeptide formé avec une valine en position N-terminale, une glycine et une leucine C-terminale.

Le polypeptide inhibiteur gastrique ( GIP ) appartient à la famille des hormones sécrétines, un type de molécules appelées incrétines, qui ont pour tâche de préparer le corps à effectuer le stockage des aliments qu'il reçoit. Sa découverte a eu lieu dans les années 1920 et on pensait initialement qu’il était responsable de la protection de l’intestin grêle contre l’acide, bien qu’à présent on considère que sa fonction est de stimuler la sécrétion d’insuline.