Le terme germe a différentes significations selon le contexte . De manière générale, on peut dire qu'un germe est ce qui favorise l' origine ou le début de quelque chose .

Dans le cas des plantes, la partie de la graine qui permet le développement d'un nouvel échantillon s'appelle le germe. La notion peut aussi faire allusion à la première des tiges apparues après la germination de la plante.

On considère généralement que le germe d'un individu végétal est l' embryon qui se forme après la fécondation, résultant du développement du zygote. Ce germe subit un processus complexe au fur et à mesure de son déroulement, aboutissant à l’apparition de la nouvelle plante.

Un microorganisme pathogène est aussi appelé un germe. Les microorganismes sont des microbes: des organismes unicellulaires qui ne peuvent être visualisés qu'à l'aide d'un microscope. L'adjectif pathogène, d'autre part, qualifie ce qui peut causer et déclencher une maladie (une altération de la santé ).

Un germe, dans ce cadre, est un agent capable d’endommager un organisme végétal ou animal (y compris l’être humain). Étant un hôte vivant du germe, il s’appelle un invité. Une fois que le germe est installé dans l'hôte, s'il trouve les conditions dont il a besoin pour se développer, il finira par produire une maladie .

Dans un sens plus large et même symbolique, le germe est le début de quelque chose, qu'il soit moral (abstrait) ou matériel. Par exemple : "Les analystes considèrent que le terrorisme fondamentaliste se trouve dans cette ville arabe", "L'arrivée de l'Uruguayen était le germe du succès de l'équipe", "Les mesures antipopulaires du gouvernement constituaient le germe du mouvement révolutionnaire" .