Du latin flagellum, flagellum est un instrument utilisé pour fouetter . Le flagelle peut être un fouet, un fouet ou un fouet qui, lorsqu'il est frappé violemment contre quelqu'un, provoque des douleurs et des blessures . Une personne peut être flagellée à titre de punition ou au milieu d'une pratique sexuelle masochiste-sado, mais peut aussi s'auto-flageller si elle décide d'imposer une pénitence.

C'est un appendice filamenteux hélicoïdal extracellulaire étendu, et est responsable de la majorité des bactéries mobiles pouvant se déplacer dans des milieux liquides. En ce qui concerne sa disposition, il peut être latéral (périphérique) ou polaire (lofotrique, monotrique ou amphotère).

Les éléments suivants constituent la structure du flagelle bactérien:

* filament : c'est la partie visible au microscope optique et formée à partir de petites unités de flagelline, qui forment une hélice rigide. C'est l'antigène flagellaire (H) qui caractérise chaque souche et chaque espèce. Son travail n'est pas mécanique, le filament étant l'équivalent de l'hélice d'un navire, mais le mouvement est responsable du corpuscule basal;

* coude ou crochet : partie courbe destinée à articuler le filament et le corpuscule basal. Il est composé de sous-unités assemblées d'une protéine;

* corpuscule basal : c'est le moteur du flagelle et se trouve dans la membrane et le mur, pour l'ancrer au corps cellulaire. Son apparence est celle d’une série d’anneaux traversant un cylindre de protéine central.

Dans les bactéries à Gram négatif (celles qui ne deviennent pas bleu foncé ou violet en raison de la coloration de Gram), le corpuscule basal comporte deux paires d' anneaux : un interne (S et M) et un externe (L et P). Il y a un cinquième anneau qui est inférieur à M et il s'appelle C; il est formé par les protéines FliG, FliM et FliN. Autour du corpuscule, il existe des sous-unités de MotA et de MotB, deux protéines membranaires intégrales.

Chez les bactéries à Gram positif (celles qui se colorent en bleu foncé ou violet par une coloration de Gram), le corpuscule basal a une structure moins complexe: un cylindre au centre et seulement deux anneaux (M et S). L'anneau S peut être relié au peptidoglycane, analogue au P du Gram négatif.

En ce qui concerne le mouvement du flagelle bactérien, il est aléatoire et consiste en fragments de quelques secondes dans une direction, jusqu’à virer à travers les en-têtes et à nager dans une nouvelle direction.